Os protozoários Giardia spp. e Cryptosporidium spp. são responsáveis por uma série de epidemias de gastroenterites, principalmente associadas à utilização de água contaminada para consumo humano. Os cistos de Giardia. e oocistos de Cryptosporidium são altamente resistentes às variações ambientais e aos processos físico-químicos e microbiológicos usualmente utilizados nas estações de tratamento de água e esgoto. Vários surtos de veiculação hídrica ocasionados por estes protozoários estão relacionados ao esgoto doméstico como a principal fonte de contaminação dos mananciais. Deste modo, este trabalho teve como objetivo, detectar e avaliar a eficiência de remoção de cistos de Giardia spp. e oocistos de Cryptosporidium spp. na Estação de Tratamento de Esgoto (ETE) do Bairro Garcia, Blumenau, SC. E analisar correlações entre as concentrações dos parâmetros físico-químicos e microbiológicos do efluente bruto e os resultados quantitativos da pesquisa parasitológica. As coletas e análises foram realizadas durante um período de 12 meses. Para a pesquisa de cistos de Giardia spp. e oocistos de Cryptosporidium spp. as amostras de efluente tratado e efluente do reator UASB foram concentradas conforme protocolo modificado de Franco et al., (2001). As amostras de efluente bruto, lodo do reator UASB, efluente do reator MBBR e lodo condicionado foram concentradas de acordo com protocolo modificado de Robertson et al., (2000) e adaptado por Cantusio Neto et al., (2006). Nas amostras concentradas a pesquisa foi realizada através da reação de imunofluorescência direta, conforme as instruções do fabricante do Kit diagnóstico (MerifluorÒ - Meridian Bioscience, Cincinnatti, Ohio). As metodologias na obtenção dos parâmetros físicos, químicos e microbiológicos seguiram os padrões publicados no "Standard Methods for the Examination of Water and Wastewater" - 22st Ed. (2012). Para a análise da existência de correlação entre as variáveis foi aplicado o teste de correlação de Spearman utilizado o software STATISTCA 10.0 (StatSoft). Deste modo foram detectadas elevadas concentrações de cistos de Giardia spp. (máx. 900.000 cistos/L) em 83,3% pontos analisados. Oocistos de Cryptosporium spp. também foram detectados em elevadas concentrações (máx. 300.000 oocistos/L) em 66,6% dos pontos analisados. Por outro lado, a ETE Garcia apresentou 100% de eficiência para a remoção de ambos os protozoários não sendo detectados nas amostras de efluente tratado. Foram observadas correlações moderadas negativas entre a concentração de oocistos de Cryptosporidium e a concentração de coliformes termotolerantes (r = -0.69; P= 0,012; n=12). Como também correlação moderada negativa (r = -0,57; P = 0,048 n = 12) entre a concentração de cistos de Giardia e a turbidez. O melhor entendimento do processo de remoção destes protozoários no contexto das ETE traz importante contribuição para a saúde pública, pela possibilidade de redução do impacto dos efluentes e subprodutos gerados pela ETE no meio ambiente.