A eficiência é uma das métrica utilizadas para medir o desempenho organizacional e geralmente emprega a produtividade como um dos indicadores mais notáveis. Por outro lado tem-se a Associação Catarinense das Fundações Educacionais (ACAFE) que contribui para o fortalecimento das Instituições de Ensino Superior (IES) para desenvolver o ensino, a ciência, a tecnologia e a inovação, compartilhando ações e competências das IES catarinenses, dessa forma contribuindo para com o crescimento do ensino, pesquisa e extensão da região que compõe o sistema ACAFE. Diante da importância dessa associação para a educação superior catarinense, tem-se como objetivo identificar a eficiência das IES do sistema ACAFE. Nesse contexto, para atingir o objetivo proposto foi realizada uma pesquisa descritiva, documental e quantitativa. Os dados foram coletados na base “MercadoEdu” em julho de 2017 e referem-se ao ano de 2015. Para o tratamento e análise dos dados utilizou-se do método multicritério de análise envoltória de dados (Data Envelopment Analysis - DEA) por avaliar a eficiência e usar Problemas de Programação Linear (LPP) para avaliar o desempenho das Unidades de Decisão (DMU) a partir do modelo BCC com orientação para Output. Os critérios de inputs e outputs utilizados foram os gastos com salários de professores, gastos com salários de técnicos administrativos, número total de professores, número total de alunos matriculados na graduação, receita própria da IES e Market Share da sede. Os resultados indicaram que das quatorze IES do sistema ACAFE analisadas, oito podem ser consideradas eficientes, três obtiveram níveis de eficiência entre 0,956 e 0,993, considerados muito bons e, apenas três IES ficaram com níveis de eficiência mais baixos, entre 0,604 e 0,794. Nesse sentido, concluiu-se que 78,57% das IES do sistema ACAFE possuem níveis de eficiência considerados ótimos. O estudo evidenciou também os benchmarks das IES, sendo que por meio desses resultados, as IES menos eficientes podem utilizar aquelas unidades de referência que mais se aproximam da sua realidade para melhorar seu desempenho. Essas descobertas são úteis para os gestores universitários do sistema ACAFE, pois podem ajudá-los a gerenciar seus recursos de Input e buscar a maximização dos Outputs, assim as IES mais eficientes podem ser utilizadas como modelo para as outras IES menos eficientes. Como limitações da pesquisa, pode-se destacar a heterogeneidade das IES do sistema ACAFE. Dentre as quatorze IES, encontra-se Universidades e Centros Universitários, IES Públicas e Comunitárias, com apenas um campus e com vários campus, distribuídas em vários municípios catarinenses. Para futuras pesquisas recomenda-se utilizar Instituições de Ensino Superior com as mesmas características ou similar e ampliar o volume de variáveis de Input e Output.